Helena Modrzejewska urodziła się w 1840 roku w Krakowie jako nieślubne dziecko Józefy Bendy, wdowy po zamożnym kupcu. Kwestia jej pochodzenia jest skomplikowana. Na chrzcie nadano jej imię Helena Opid. Istniały poszlaki, które wskazywały, że Helena i jej starszy brat Adolf byli owocem przelotnego romansu ich matki z księciem Władysławem Sanguszką. Helena uczyła się na pensji.